Forngravar söder om Boos huvudbyggnad visar att gården troligen var brukad och bebodd redan under järnåldern. Gården förlänades 1545 av Gustav Vasas regering till amiralen Jacob Bagge. Källargrunden strax norr om nuvarande huvudbyggnaden kan vara rester av den byggnad som brann 1570. Gården fick behålla sin skattefrihet som ”säteri” under 1600-talet och köptes omkring 1700 av slottsarkitekten Nicodemus Tessin d.y. Denne fick anledning att göra ritningar till ny gårdsanläggning och kapell sedan ryssarna bränt de gamla byggnaderna 1719. Boo såldes 1748 till en handelsman Johan Alnor, men med handlingarna juridiskt så utformade att det inte skulle synas att gården lagvidrigt sålts till en icke adlig person. Konkurs och exekutiv auktion 1829 splittrade godset.

Höggravfält i närheten och Nackas enda runsten (bara ett fragment bevarat) visar att gården har anor åtminstone tillbaka till vikingatiden. Gårdens äldsta namn var förmodligen *Harg eller Hargsö, där det senare är belagt som namn på omgivningarna från 1282 framåt.[1] Under medeltiden betydde beteckningen bo en förvaltningsgård inom ett jordagods, och här har termen blivit övertagen som ortnamn. På 1500-talet tillhörde egendomen bland andra Erik XIV:s amiral Jakob Bagge. År 1700 köptes Boo gård av Nicodemus Tessin d.y.. Gården brändes ner av ryssarna år 1719 under de så kallade rysshärjningarna. Efter detta byggde Tessin den nuvarande huvudbyggnaden av timmer. Efter Nicodemus Tessin d.y. ägdes gården av kanslipresidenten Carl Gustaf Tessin (1695-1770). Under 1920-talet ägdes gården av Boo lantbruksaktiebolag. Huvudbyggnaden blev förklarad som byggnadsminne år 1977. Boo gård ägs och bebos i dag av familjen Ribbing och omfattar ett större park- och trädgårdsområde omgivet av villabebyggelse.